对冲基金的结构
对冲基金本身除了其投资之外既没有员工也没有资产。投资管理公司管理投资组合，是真正开展业务、雇用员工的独立实体。
除了投资管理公司以外，还有其他服务于对冲基金的部门。最常见的有：
主要经纪部门：主要经纪业务包括融资融券、在衍生品合约中充当交易对手、执行交易、清算和结算。许多主要经纪部门也提供托管服务。一般来说，主要经纪部门都是大型投资银行的部门。
管理部门：管理部门一般处理与股票相关的事务，并执行有关的清算功能。某些基金，特别是美国基金，其管理公司也会负责上述部分业务，这样一来，投资管理公司既可以掌控账面资产净值，又能通过净值增加获得业绩报酬，就可能会增加固有的利益冲突。在美国以外的国家，一般规定此职能由第三方承担。
营销部门：营销部门负责将基金卖给潜在投资人。通常这个任务也由投资管理公司承担。
注册地
对冲基金的法律结构，尤其是其注册地和法人实体的类型，通常由基金目标投资者的税收环境决定。监管方面的因素也有影响。许多对冲基金都在离岸金融中心设立，这样当投资组合升值时，基金就不用缴税了，税收由投资者承担。而投资管理公司的总部通常位于大型金融中心，根据其收到的基金管理费来缴税。
据估计，2011年，有一半的对冲基金离岸注册，另一半在岸注册。在开曼群岛注册的对冲基金数量位居全球第一，占34%，其后是美国24%，卢森堡10%，爱尔兰7%，英属维尔京群岛6%，百慕大3%。
投资管理公司的位置
和基金本身不同，投资管理公司大都在岸，为的是吸引大批金融人才并接近投资者。对冲基金获得的投资，大部分来自以纽约市和康涅狄格州黄金海岸区（Gold Coast area）为主的美国东海岸，这里也是对冲基金管理公司最多的地方。据估计，2004年，美国有7000家投资管理公司。
伦敦则是欧洲对冲基金管理公司最为集中之处，2011年末，伦敦拥有全欧对冲基金70%的投资额，折合3950亿美元。亚洲，尤其是中国，是全球对冲基金行业日渐重要的资金来源地。亚洲对冲基金资产集中于英国和美国，两国大概各占四分之一。
法人实体
以在美国纳税的投资人为目标的对冲基金，主要采用有限合伙人制，因为投资人在美国能享受相对比较优惠的税收待遇。在有限合伙人制中，投资管理公司（尽管有时是离岸的法人）一般是普通合伙人，而投资者为有限合伙人。美国以外的投资者和在美国不用纳税的投资者，如州、公司、私人养老基金和工会养老基金等，一般投资离岸的公司制基金，因为这样可以减免部分税收。有时候，对冲基金为了吸引日本投资者，会采用单位信托基金的形式。除了税负不同，这种形式并不影响基金的本质。
投资管理公司负责组织设立对冲基金，也可以通过在有限合伙制基金中担任普通合伙人，或在公司制基金中持有原始份额，来保留自己的权益。原始份额一般无经济权利，投票权也只限于某些事务，比如挑选投资经理。基金的战略决策由独立的董事会制定，董事会一般会接受投资经理的意见。
开放式的本质
对冲基金一般都是开放式的，也就是说，每隔一段时间，投资者都可以申购或赎回。公司制基金的发行价和赎回价都是单位净值，因此，如果基金投资的资产升值，单位净值就会增加，投资者赎回的金额就高于其购买的费用。与之类似，有限合伙人制基金投资者也按其认购额承担一部分盈亏，这样投资者的赎回额相较于其出资额就可能有出入。
投资者之间一般不买卖份额或有限合伙人权益，对冲基金一般也不会在投资者赎回之前分红。但封闭式基金则不同，要么可以交易一小部分份额，要么会分红，或者会在有限的存续期结束时把资金返还给投资者。大部分对冲基金允许投资者每月或每季度赎回一次，也有每年或每两年才能赎回一次的。
分离账户
如果对冲基金持有的资产无法可靠地估值，或相对流动性较差，但基金本身的赎回比较容易，基金就可能设立“分离账户”。基金将流动性较差的资产与主资产组合分离，单独归入“分离账户”，并授予投资者相关的权益。但是这些权益或者份额不能随时赎回。只有基金卖出“分离账户”中的资产以后，投资者才能将其赎回并取得预期年化收益。
分离账户的设置，是为了解决有关投资者赎回所持有的份额时需要估值的问题。如果投资者赎回时，有的资产无法估值或卖出，基金就无法确定其赎回款项是否计算正确。更重要的是，有可能只有卖掉基金的流动资产才能支付投资者的赎回款。如果该投资者赎回之后，非流动资产的价值并没有达到预期水平，那么全部的损失都将由其他投资者承担，而该投资者则不承担任何损失。有了分离账户以后，基金就能够确保，一旦相关资产流动性变差，此时所有投资者都会承担相同的损失，同时主资产组合可以继续接受申购和赎回。反过来，这一时期的申购也有同样的问题。
分离账户一般作为紧急措施使用。2008年9月，雷曼兄弟破产后，对冲基金纷纷设立分离账户，以此避免因市场崩盘而导致基金无法按市值卖出资产。
几种特殊的基金在日常经营是可能也会使用分离账户。比如，投资保险产品的基金，在自然灾害发生后，可能会将相关的证券划入分离账户。一旦评估出赔偿金额，这些证券就可以再相对精确地估值。
上市基金
公司制基金有时会在小型证券交易所上市，比如爱尔兰证券交易所，这样一来投资者的监管要求就比较低。但这些上市对冲基金的份额一般不在交易所交易。
基金上市和投资管理公司上市或者首次公开募集（IPO）不同。尽管媒体报道成“对冲基金IPO”，但Fortress 投资集团的IPO其实是投资管理公司上市，而不是其管理的对冲基金上市。
